Oorspronkelijk maakte de Lutherse kerk deel uit van het lokale ziekenhuis. Dit Sint Joris Gasthuis werd in de tweede helft van de 15e eeuw uitgebreid met een kapel. Nadat het ziekenhuis naar een andere locatie was verhuisd, heeft de kapel nog dienstgedaan als onderkomen voor Schotse soldaten en als artilleriemagazijn.
Rond 1600 werd de kapel omgebouwd tot een zogeheten ‘dolhuis’. Dit is een plaats waar 'krankzinnigen' werden opgesloten. Hieronder vielen geesteszieken, maar vaak ook andere mensen die niet gewenst waren in de maatschappij. Denk bijvoorbeeld aan verslaafden, epilepsiepatiënten en dementerende ouderen. In 1764 werd de kapel door de gemeente Delft aan de Lutheranen gegeven en als Lutherse kerk in gebruik genomen.
Het torentje van de Lutherse kerk dateert nog uit de Middeleeuwen, en in de 18e eeuw ontwierp de toenmalige stadsarchitect een nieuwe voorgevel. Van 1958 tot 1965 werd de Lutherse kerk grootschalig gerestaureerd en verandert in de kerk die we nu kennen.
